FEP method presents good consistency with the experimental result in computing the binding free energy of single GM1 ganglioside to B subunit. 3.

• 使用全原子分子动力学模拟了霍乱毒素B子单元的结合位点的柔性，并利用FEP(Free Energy Perturbation)的方法计算了单配体与单个B子单元在水溶液中的结合自由能，在定量上较好的与实验结果相符。