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- Caloneis galapagensis var. japonica n. 加拉帕戈斯美壁藻日本变种
- Caloneis galapagensis n. 加拉帕戈斯美壁藻
- Caloneis ventricosa var. truncatula n. 偏美壁藻截头变种
- Caloneis castracanei var. petitiana n. 卡氏美壁藻毕氏变种
- Caloneis amphisbaena var. fuscata n. 蛇形美壁藻淡褐变种
- Caloneis elongata var. constricta n. 长形美壁藻缢缩变种
- Caloneis oregonica n. 俄勒岗美壁藻
- Caloneis eccentrica n. 偏心美壁藻
- Caloneis castracanei n. 卡氏美壁藻
- Caloneis Caloneis mexicana n. 墨西哥美壁藻
- Caloneis permagna n. 大美壁藻
- Caloneis frater n. 弗拉美壁藻
- Caloneis platycephala n. 扁头美壁藻
- Caloneis bacillum n. 杆状美壁藻
- Caloneis bacillaris n. 棍形美壁藻
- Caloneis aemula n. 相似美壁藻
- Caloneis brevis n. 短形美壁藻
- Caloneis brevis var. vexans n. 短形美壁藻厌烦变种
- Caloneis silicula n. 短角美壁藻
- Caloneis liber f. sinica n. 离生美壁藻中华变型
